Đội tuyển quốc gia

Sau EURO 2008, Eduardo được huấn luyện viên Carlos Queiroz triệu tập lên tuyển để dự bị cho thủ môn Quim trong các trận gặp Malta và Đan Mạch tại vòng loại World Cup 2010.

Ngày 11 tháng 2 năm 2009, anh chính thức ra mắt đội tuyển quốc gia khi bắt chính trong trận đấu giao hữu với Phần Lan. Anh trở thành thủ môn số 1 của tuyển Bồ Đào Nha tại vòng chung kết World Cup 2010 trên đất Nam Phi, giữ sạch lưới cả 3 trận vòng bảng gặp Jamaica, CHDCND Triều Tiên và Brasil. Anh chỉ để lọt lưới 1 bàn trước nhà vô địch giải năm đó là Tây Ban Nha ở vòng 16 đội.

Sau khi mất suất bắt chính ở câu lạc bộ, Eduardo cũng phải đối mặt với tình trạng tương tự tại đội tuyển quốc gia khi phải dự bị cho thủ thành Rui Patrício. Anh có tên trong danh sách tham dự World Cup 2014 của đội tuyển Bồ Đào Nha,[1] nhưng chỉ ra sân 5 phút cuối trong trận đấu cuối cùng vòng bảng gặp Ghana để thay thế cho thủ môn Beto bị chấn thương.[2]

Eduardo là thủ môn thứ 3 trong đội hình Bồ Đào Nha vô địch EURO 2016.[3] Ngày 1 tháng 9 năm 2016, anh có trận đấu quốc tế cuối cùng khi giữ sạch lưới trong chiến thắng 5–0 trước Gibraltar.